Il 19 marzo 1994, nel giorno di San Giuseppe, quindi del suo onomastico, alle 7.20 del mattino Don Peppino Diana fu ucciso nella sacrestia della sua chiesa, mentre si stava preparando per celebrare la messa. Cinque i colpi che lo raggiunsero togliendogli la vita: due alla testa, uno al volto, uno alla mano e uno al collo. Un omicidio che scosse le coscienze. Infatti solo un anno prima, a Palermo, era stato ucciso Don Pino Puglisi dimostrando che la mafia non risparmiava nessuno, neppure gli uomini di Chiesa. Un messaggio di denuncia e di cordoglio venne inviato anche da Giovanni Paolo II durante l’Angelus del giorno successivo. Al suo funerale, il 21 marzo, furono oltre 20mila le persone presenti tra cui tutti i gruppi scout e gli alunni delle scuole dove insegnava.
Per l’omicidio venne condannato all’ergastolo il camorrista Nunzio De Falco, il 30 gennaio 2003, come mandante dell’assassinio. In un primo momento, lo stesso De Falco tentò di accusare il clan rivale degli Schiavone come colpevoli dell’omicidio ma Giuseppe Quadrano, autore materiale dell’omicidio (ragion per cui fu condannato a 14 anni) e successivamente collaboratore di giustizia, ammise il coinvolgimento di De Falco. Il 4 marzo 2004 la Corte di Cassazione ha condannato all’ergastolo Mario Santoro e Francesco Piacenti come coautori dell’omicidio.